制度的研發和建立，是一個不斷改進的緩慢過程。寂靜禪林樂於吸取南、北、藏各傳承的優點，並嘗試實踐其可行的部份，過程中固然會出現困惑難行的局面。

然而這些年來，禪林抱持著「實驗與改進」的態度，不管在僧信教育、組織管理、日常運作乃至活動籌備上等等，都一直努力地朝向制度化和穩定化，並且在「僧伽為導，白衣為輔」的原則下逐步演進。寂靜禪林組織架構中有多個單位。其中「教育部」、「資訊部」、「庶務部」及「護法會」為落實禪林理念之主力單位，協助管理層執行決策和推動法務。